1、选购生物菌肥时，要注意其是否过了产品有效期，一般超过生产日期1年的生物菌肥活性会显着降低。
2、看有无农业部登记证，正规的厂家生产的产品都应该在农业部登记，省农业厅不批准生物菌肥登记。印有***省农肥登记的生物菌肥都是假冒产品。
3、严防普通有机肥冒充生物菌肥。另外，还要看包装袋上标明的活性菌数是否符合国家规定（国家规定生物菌剂有效活菌数≥2亿/克，颗粒状的≥1亿/克。复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克）。不合格的生物菌肥绝不购买。
4、看菌肥存放或者用到地里一小段时间，会不会长毛，据资料介绍菌肥长毛，是因为菌肥中微生物在适宜环境下进行大量繁殖，并不是肥料有问题，相反，恰恰说明了其中微生物活性高，抗逆性好，在恶劣环境下也能够存活。
5、闻正规菌肥选用的有机质发酵出来应该是芳香味，而不是恶臭味。
6、考察菌肥好坏，有个关键的指标就是抗逆性，也就是菌种在不利环境下的生存能力。建议选择科研实力比较强、正规的菌肥企业进行合作生产的菌肥。